CoHemis fue fundado en noviembre de 1991 en una conferencia patrocinada por la Fundación Nacional de Ciencias (NSF, por sus siglas en inglés) y la Universidad de Puerto Rico en Mayagüez. La misma contó con la participación de delegados de organizaciones nacionales de ciencia y tecnología de los Estados Unidos, Canadá, y doce países de Latinoamérica y el Caribe. La asamblea originó una declaración unánime que creaba a CoHemis, nombrando a un consejo asesor para ayudar a moldear su organización y endosando el Recinto de Mayagüez de la Universidad de Puerto Rico como su sede. Desde entonces, otros países se han unido a la declaración y sus consejos nacionales de ciencia y tecnología han nombrado delegados al Centro.
Después de que el financiamiento de NSF se terminara, la Universidad de Puerto Rico ha continuado financiando a CoHemis, junto con la colaboración de otras instituciones, permitiendo que el Centro continúey aumente su nivel de servicio basado en iniciativas para actividades específicas. También, el gobierno de Puerto Rico, las agencias federales y el sector privado han brindado su apoyo a las actividades del Centro desde su creación. Beneficios adicionales se obtienen a través de agencias internacionales y entidades de otros países del hemisferio mediante esfuerzos de colaboración.
